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克隆中載體的處理和去磷酸化
克隆成功與否,除與連接方式以及載體選擇有關(guān)外,載體的處理也是一個(gè)重要環(huán)節(jié)。為了提高連接效率,處理載體時(shí)應(yīng)注意以下幾點(diǎn):?
(1)應(yīng)加入常用量5~10倍的內(nèi)切酶水解載體,以保證載體被完全酶切;?
(2)如用雙酶切割載體,則必須電泳回收載體片段,除去雙酶切所產(chǎn)生的小DNA片段;?
(3)如粘端連接,單酶切處理過(guò)的載體必須用
堿性磷酸酶(如牛小腸堿性磷酸酶,CIP)處理,防止載體自身環(huán)化。CIP可以水解掉DNA5末端的磷酸。對(duì)于3末端突出的DNA(如PstI水解,需用10倍于5末端突出DNA(如EcoRI,HindⅢ)的CIP進(jìn)行去磷酸化,以達(dá)到最少的載體自身環(huán)化。
去磷酸方法如下:
①DNA加入10倍去磷酸化緩沖液,5端突出的DNA,每100pmol 5?磷酸基團(tuán)加入1個(gè)單位的CIP,37℃反應(yīng)30分鐘。平末端或3端突出的 DNA,每2pmol 5?磷酸基團(tuán)加1個(gè)單位CIP,37℃保溫15分鐘后,再加CIP,55℃反應(yīng)45分鐘(2μg 5kb的線性DNA約含14pmol左右的5磷酸基團(tuán));
②加入SDS、EDTA(pH8.0)和蛋白酶K分別至終濃度05%、 5mmol/L和50μg/ml,混勻后56℃反應(yīng)30分鐘;或加EDTA(pH8.0)至終濃度為5mmol/L,65℃保溫1小時(shí)或75℃,10分鐘滅活CIP;?
③冷卻至室溫后,加入等體積酚/氯仿、氯仿分別抽提一次;?10 mmol/L ZnCl?210 mmol/L MgCl 2100 mmol/L Tris·HCl,pH8.0。