西亞試劑：：SNP與疾病易感性關(guān)系的研究

SNP位點(diǎn)信息已知的情況下， 選擇SNP的GENOTYPING的方法，主要根據(jù)你的經(jīng)費(fèi)情況設(shè)計(jì)，我分別給你分析一下現(xiàn)狀：

A、一般實(shí)驗(yàn)室： 經(jīng)費(fèi)一般， 儀器不具備時(shí)， 最多用的是以下兩種方法：

1、 基于PCR的方法，也叫AS-PCR， (ALLELE-SPECIFIC PCR)的辦法，園子里這方面的東西不少，特別是在遺傳發(fā)育版面應(yīng)該很多。 主要原理是利用引物在擴(kuò)增時(shí)3'端相對(duì)高的BASE要求，進(jìn)行設(shè)計(jì)。這個(gè)方法是最便宜的， 不需要酶切， 一次PCR就可以得到GENOTYPING的信息。
缺點(diǎn)： PCR對(duì)于3'端的特異性在不同退火溫度時(shí)有出入， 所以退火溫度的摸索很關(guān)鍵，否則假陽(yáng)性擴(kuò)增是很容易的。另外， 內(nèi)參照的設(shè)置也很重要，這個(gè)東西還是很有意思的。 而且，所使用的引物位置無(wú)法人為調(diào)整，只能放在SNP的5'段。

2、基于酶切分型。 依靠限制性?xún)?nèi)切酶的忠貞性進(jìn)行單SNP的分型。 SNP突變與否， 可能影響某個(gè)酶識(shí)別位點(diǎn)的存在或消失。 通過(guò)酶切產(chǎn)物的電泳條帶，判斷SNP的突變的情況， 即純和， 野生純和，和雜和子。
當(dāng)沒(méi)有直接可利用的酶切位點(diǎn)時(shí)，可以采用突變引物中個(gè)別BASE，從而湊成切點(diǎn)的設(shè)計(jì)，也叫做RG-PCR， restriction site generation PCR。

B、有經(jīng)費(fèi)的實(shí)驗(yàn)室的方法：

這里我寫(xiě)幾個(gè)自己曾經(jīng)涉足過(guò)的方法，可行性比較強(qiáng)， 但是需要相應(yīng)的經(jīng)費(fèi)支持和相應(yīng)的儀器，但是通量相對(duì)更高， 效率更好：

1、直接測(cè)序， 基于PCR產(chǎn)物的直接sequencing的方法， 比對(duì)序列結(jié)果， 就可以進(jìn)行SNP的識(shí)別和分析。

2、分型質(zhì)譜， 華大生物信息平臺(tái)那邊可以外接服務(wù)， 提供PCR產(chǎn)物即可。

3、pyro-sequencing， 微測(cè)序， 中科院遺傳所 王瀝研究員那里有可以聯(lián)系的外接服務(wù)。

4、D-HPLC， 變性高效液相色譜法。 北京可以去聯(lián)系做的地方不少， 北京大學(xué)生科院有機(jī)器， 另外北京大學(xué)腫瘤研究所也有機(jī)器， 國(guó)家人類(lèi)基因組陳標(biāo)那里也有一臺(tái)， 需要做的話， 拿著經(jīng)費(fèi)和他們聯(lián)系就可以， 這個(gè)方法也很不錯(cuò)， 價(jià)錢(qián)可以商量。

5、還有些方法，如DNA芯片技術(shù)適合對(duì)于large scale 的SNP的篩查， 一般用于組學(xué)領(lǐng)域， 可能不適用與您的情況。 還有許多如熒光共振能量轉(zhuǎn)移等方法/探針雜交法等，并未在本領(lǐng)域中國(guó)內(nèi)推廣， 就不一一介紹了。

丙烯醛肉桂醛桂皮醛4-硝基肉桂醛