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西亞試劑::SNP基因序列的檢索(圖)

 

以檢索NAT2的不同SNP的基因序列為例:

1、Genbank里的dbSNP數(shù)據(jù)庫(kù)中有詳細(xì)的信息,方法如下:

(1)進(jìn)入NCBI的主頁(yè) http://www.ncbi.nlm.nih.gov/,然后,Search下拉菜單中選“ SNP”,搜索for “NAT2”。

(2)搜索了一下,人類的NAT2SNP數(shù)據(jù)庫(kù)記錄有279條,如下圖所示,每一條你都可以點(diǎn)進(jìn)去看它的具體情況。

 

(3)以 rs36014863為例,你點(diǎn)進(jìn)去后,出現(xiàn)下圖的頁(yè)面,里面示SNP數(shù)據(jù)庫(kù)中關(guān)于這個(gè)SNP的全部信息,從里面,你大致可以獲取SNP的位置,其上下游的核苷酸側(cè)翼序列信息,多群體報(bào)道的情況,SNP提交情況,不同群體的雜合度報(bào)道參考信息……

  

(4)或者你直接進(jìn)入NCBI的主頁(yè) http://www.ncbi.nlm.nih.gov/,直接搜索NAT2,出現(xiàn)下圖中的界面,選擇SNP,然后有相關(guān)SNP記錄476條,點(diǎn)擊進(jìn)入后,選擇HUMAN 279條,然后再逐個(gè)觀察。

 

2、但是,從整個(gè)基因組的SNP分布和NAT2基因的位置關(guān)系上直觀的工具,Genbank并不是很理想的,推薦配合Genewindow結(jié)合使用,Genewindow是很好的動(dòng)態(tài)平臺(tái),十分直觀,可以清晰的顯示SNP的分布情況和基因內(nèi)含子、外顯子、調(diào)控區(qū)的關(guān)系,可以用于整體選擇時(shí)使用,個(gè)人使用后感覺(jué)效果非常滿意。

Genewindow的進(jìn)入方法:http://genewindow.nci.nih.gov/,推薦大家使用!使用前需要安裝一個(gè)插件,然后后續(xù)的界面十分友好。

西亞試劑報(bào)道