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西亞試劑::根據(jù)蛋白序列尋找SNP

1 、把蛋白序列對應(yīng)的核酸序列找到。

2 、根據(jù)核酸序列做BLAST (對dbSNP數(shù)據(jù)庫

西亞試劑報道

)。

3 、結(jié)果中,可以得到你的序列上所以已知的SNP。

丁香園網(wǎng)友freedegree提到:

以編碼5-hydroxytryptamine (serotonin) receptor的HTR1A基因為例,先進入entrez,選擇gene選項,在NCBI中搜HTR1A基因,到如下圖界面,點基因縮略圖,然后點graphics。


點擊后的界面如下。這里已經(jīng)很清楚地標明了SNP所在的位置以及對應(yīng)的核酸與蛋白序列。但有一點要說明,我注意到這個基因編碼的蛋白序列與swissprot的序列有一些差別,很可能是收錄的版本不同,或是有些序列是NCBI直接根據(jù)orf形成的。