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西亞試劑::PYRO測序用于SNP基因分型

 

其實是一種段片段焦磷酸測序技術(shù),在測序引物的引導下,完成段片段(含snp)的測序,從而實現(xiàn)基因分型。缺點:不能檢測長片段,對于重復序列沒有辦法。

原理簡介

1.測序引物與單鏈,PCR擴增的DNA模板相結(jié)合。然后將其與DNA聚合酶、ATP硫酸化酶、熒光素酶和三磷酸腺苷雙磷酸酶,以及底物APS和熒光素一起孵育。

2.四種dNTP之一被加入反應體系,如與模扳配對,此dNTP與引物的末端形成共價鍵,dNTP的焦磷酸基團(PPi)釋放出來。而且釋放出來的Ppi的量與和模板結(jié)合的dNTP的量成正比。

3.ATP sulfurylase在adenosine 5´ phosphosulfate存在的情況下催化PPi形成ATP,ATP驅(qū)動luciferase介導的Luciferin向oxyluciferin的轉(zhuǎn)化,oxyluciferin發(fā)出與ATP量成正比的可見光信號。光信號由CCD攝像機檢測并由pyrogram™反應為峰。每個光信號的峰高與反應中摻入的核苷酸數(shù)目成正比。

4.TP和未摻入的dNTP由Apyrase降解,淬滅光信號,并再生反應體系。

5.然后加入下一種dNTP。最終待測序列順序,即可從反應光強的信號峰中讀出。在此過程之中有幾點值得注意的是,在體系中使用的是dATPS而非dATP,因為dATPS不是熒光素酶的底物,而且DNA聚合酶對dATPS的催化效率更高。而且在系統(tǒng)之中,底物的濃度已經(jīng)最佳化,使得dNTP的降解速度慢于它的摻入速度,ATP的合成速度快于水解速度,其中三磷酸腺苷雙磷酸酶的特異濃度,可以保證降解完全,使系統(tǒng)復原。

西亞試劑報道