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西亞試劑 —— 品質(zhì)可靠,值得信賴
snp現(xiàn)有檢測技術(shù)有主要的3大類別
1、測序
主要發(fā)現(xiàn)新的snp位點和比較集中的snp位點,如hla區(qū)域,但成本較高,工作量大,不適合大樣本做疾病關(guān)聯(lián)分析。
2、taqman探針
結(jié)果比較可靠,國外文章也大量應(yīng)用,不過對于國內(nèi)成本偏高,同類還有snpshot技術(shù),abi和貝克曼都相應(yīng)試劑盒。成本和成功率都比taqman要低。
3、snp芯片
國外大規(guī)模篩查疾病關(guān)聯(lián)分析常用,illumina和affy都有不同密度的成熟產(chǎn)品,單位點成本很低,但點較多,樣本多時也會很高花費,但結(jié)果準(zhǔn)確,適合復(fù)雜疾病,有實力的項目組一般大型機器點在384-群基因組可以訂制,但成本會高;illumina開發(fā)了一臺小的芯片,極其適合1-384,可以訂制,成本在2-5元/人點,但還沒有很成熟的流程,具體效果和成功率要進一步看。
剩下的就是傳統(tǒng)方法如酶切,pcr-sscp等,也有雜志接受,但一般需要測序驗證。缺點是工作量太大,結(jié)果不準(zhǔn)確,不是所有位點都可以做,但成本很低。
突變數(shù)據(jù)庫
Human Gene Mutation Database (HGMD)
SNP數(shù)據(jù)庫
Database of Single Nuleotide Polymorphisms (dbSNP)