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易變山羊草（2n=4x=28, UUSvSv, Ae. variabilis syn. Triticum peregrinum (Hack In J. Fraser) Marie & Hackel）是小麥的近緣物種，與小麥進行遠源雜交時可產(chǎn)生可育后代，是小麥育種改良的重要資源。人們除了從這個屬中發(fā)現(xiàn)了一些抗小麥斑點?。–ochliobolus sativus，spot blotch）、赤霉病和白粉病的抗性基因，還發(fā)現(xiàn)其中的品系易變山羊草1號既抗禾谷孢囊線蟲(cereal cyst nematode, CCN, Heterodera avanae）又抗南方根結(jié)線蟲（root knot nematode，RKN，Meloidogyne naasi）。最近的研究還表明，該材料對起源于10個國家的14個CCN生理小種具有抗性。因此，深入了解生物學(xué)特性將有利于易變山羊草的在小麥育種改良中的利用和全面闡釋植物抗線蟲機理。然而，至今尚無關(guān)于易變山羊草基因組、轉(zhuǎn)錄組和cDNA文庫的報道。
中科院成都生物所余懋群研究組博士生徐德林等人利用第二代高通量測序技術(shù)，對該物種的根部進行了深度的轉(zhuǎn)錄組測序。等量混合接種禾谷孢囊線蟲L2幼蟲和不接蟲兩種處理在接蟲后30小時、3天和9天的根部RNA在Illumina HiSeq 2000測序平臺上進行4G深度的轉(zhuǎn)錄組從頭測序，運用兩個組裝程序?qū)y序數(shù)據(jù)進行拼接，最終發(fā)現(xiàn)Trinity method的組裝結(jié)果在本研究中優(yōu)于SOAPdenovo軟件。
通過Trinity method獲得了118,064條unigene，其平均長度為500 bp、N50為599 bp、平均測序深度為33.25倍的。進一步對這些unigene進行注解發(fā)現(xiàn)有7,408條unigene和3個代謝途徑與CCN的拮抗調(diào)控相關(guān)。該轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)幾乎涵蓋了主要代謝途徑的已知基因，這為易變山羊草的研究提供了大量序列信息，也可以作為易變山羊草中基因表達分析、基因組和功能基因組等領(lǐng)域研究的基礎(chǔ)和公共信息平臺，同時，再結(jié)合多基因組學(xué)工具（multigenomic tools），將有力促進對CCN抗性機理、根部發(fā)育和小麥進化機制的了解。
該研究結(jié)果近期發(fā)表在BMC Genomics刊物上。(
