西亞試劑：科學(xué)家分析現(xiàn)有全RNA測序工具利弊

在線發(fā)表于《自然—方法學(xué)》上的兩項相關(guān)研究對比了用于分析從單個細胞所有RNA獲得的測序數(shù)據(jù)的不同計算工具。生物體內(nèi)每個細胞的DNA是相同的，但不同種類細胞間的轉(zhuǎn)錄為RNA的部分基因組卻有所差別。這種差別在很大程度上影響細胞產(chǎn)生不同功能，所以弄清楚這種差別很重要。

單個細胞所有RNA集合（被稱為轉(zhuǎn)錄組）的高通量測序采用的是一種名為RNA-seq的方法，該測序手段對了解許多基因功能起著一定作用，但是，從75個短堿基對序列片段中重建整個長度可達數(shù)千堿基對的轉(zhuǎn)錄體則需要更先進的計算工具。

Paul Bertone等人對比了用于轉(zhuǎn)錄體分析的20多種最先進的計算手段，并用來執(zhí)行RNA-seq分析過程的兩個重要步驟：第一項研究探討了哪種方法最適合將序列片段標記到參考基因組上，另一項研究側(cè)重于重建被標記序列的轉(zhuǎn)錄體所需要的方法，這兩項研究均強調(diào)了現(xiàn)有計算方法的優(yōu)勢，也提出了缺點和需要改進之處。大多數(shù)轉(zhuǎn)錄重建方法能很好地執(zhí)行一些操作比如轉(zhuǎn)錄的部分重組，但所有的方法都無法精確重組整個RNA。此次研究為今后校準方法的研發(fā)提供了有用的衡量標準。

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